联合会秘书处负责联合会日常工作,下设4个职能部门和2个研究中心。

办公室(会员部):负责档案、内勤、接待、会务等工作,负责会员管理、服务和联络工作。

公益项目部(志愿者工作部):负责公益项目策划、实施和环境科普工作;开展环保志愿服务;承办会展展览。

发展合作部:负责环保社会组织间的联络沟通;联合会品牌推广和国内外交流活动。

环境维权部:负责环境维权法律咨询服务。

环境公共关系与传播研究中心:开展环境舆情、环境公共关系与传播理论研究,为环境舆情监测、研判和处置提供支撑。

环境法律政策研究中心:开展环境法律制度、地方环境立法前期研究以及环境公共政策研究,为环境决策提供支撑。